Ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος εκοιμήθη στις 14 Σεπτεμβρίου του 407 μ.Χ στα Κόμανα του Πόντου καθώς ταξίδευε πρός την Πιτυούντα νέο τόπο εξορίας του.
Όταν το 434 μ.Χ. πατριάρχης εξελέγη ο μαθητής του Άγιος Πρόκλος, παρεκάλεσε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο να ενεργήσει τα δέοντα, ώστε το λείψανο του μεγάλου αυτού πατέρα της Εκκλησίας να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Πράγματι, τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 27 Ιανουαρίου του 438 μ.Χ. έγινε η Ανακομιδή των Ιερών Λειψάνων του Αγίου. Όταν όμως προσπάθησαν να σηκώσουν το σκήνωμα του Άγιου αυτό κατέστη αδύνατον γιατί μια δύναμη τους εμπόδιζε. Αυτό έγινε γνωστό στον αυτοκράτορα ο όποιος αφού θαύμασε για το γεγονός κάθισε και έγραψε μια επιστολή στην οποία ζητούσε συγχώρεση από τον άγιο για την αδικία που του είχε γίνει.
Η επιστολή του αυτοκράτορα Θεοδοσίου Β’, υιού του Αρκαδίου και της Ευδοξίας έγραφε:
«Ἐπιστολὴ τοῦ βασιλέως Θεοδοσίου.
Εἰς τὸν οἰκουμενικὸν Πατριάρχην καὶ Διδάσκαλον καὶ πνευματικὸν Πατέρα Ἰωάννην τὸν Χρυσόστομον, τὴν προσκύνησιν προσφέρω ἐγὼ ὁ βασιλεὺς Θεοδόσιος. Ἡμεῖς, Πάτερ τίμιε, νομίζοντες, πῶς εἶναι τὸ σῶμά σου νεκρόν, καθὼς εἶναι καὶ τὰ ἄλλα σώματα τῶν ἀποθανόντων, ἠθελήσαμεν να μεταφέρωμεν αὐτὸ ἁπλῶς εἰς ἡμᾶς. Διὰ τοῦτο καὶ τοῦ ποθουμένου δικαίως ὑστερήθημεν. Ἀλλὰ σύ, Πάτερ τιμιώτατε, συγχώρησον εἰς ἡμᾶς, ὀποῦ μετανοοῦμεν. Σὺ γὰρ ἐδίδαξες εἰς ὅλους τὴν μετάνοιαν. Καὶ δὸς τὸν ἑαυτόν σου, ὣς πατὴρ φιλοπαῖς, εἰς ἡμᾶς τοὺς φιλοπάτορας υἱούς σου, καὶ τοὺς σὲ ποθούντας εὔφρανον διὰ τῆς παρουσίας σου».
Αυτή την επιστολή του αυτοκράτορα την πήγαν στον Άγιο και την τοποθέτησαν πάνω στην λάρνακά του. Τότε ο Άγιος έδωσε τον εαυτό του στους απεσταλμένους του αυτοκράτορα και έτσι αυτοί μετέφεραν την λάρνακα που περιείχε το άγιο λείψανο στην Κωνσταντινούπολη, χωρίς να κοπιάσουν καθόλου. Η υποδοχή των ιερών λειψάνων του Αγίου υπήρξε παλλαϊκή. Σύσσωμος λαός, κλήρος και μοναχοί, με επικεφαλής τον αυτοκράτορα, τους αυλικούς, τη σύγκλητο και όλους τους άρχοντες, υποδέχθηκαν και προσκύνησαν με σεβασμό τα λείψανά του.
Με πολύ ευλάβεια μετέφεραν αρχικά τη λάρνακα στο ναό του Αποστόλου Θωμά, στα Αμαντίου, έπειτα δε στο ναό της Αγίας Ειρήνης. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στο σύνθρονο και άπαντες εβόησαν: «Ἀπόλαβε τὸν θρόνον σου, Ἅγιε».
Στη συνέχεια η λάρνακα τοποθετήθηκε σε αυτοκρατορική άμαξα και μεταφέρθηκε στο περιώνυμο ναό των Αγίων Αποστόλων. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στην ιερή καθέδρα και έγινε το θαύμα: ο Άγιος επεφώνησε προς τον λαό το «Εἰρήνη πάσι». Έπειτα το εναπέθεσαν μέσα στο Άγιο Βήμα, κάτω από την Αγία Τράπεζα.
Η Σύναξη του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου ετελείτο στο πάνσεπτο ναό των Αγίων Αποστόλων. Ιερά λείψανα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου αφιέρωσε διά χρυσοβούλλου στη Μονή Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους ο αυτοκράτορας Ιωάννης Τσιμισκής (969 – 976 μ.Χ.) και τεμάχιο της δεξιάς χειρός ο Ανδρόνικος ο Παλαιολόγος (1282 – 1328 μ.Χ.), διά χρυσοβούλλου, τον Ιούλιο του έτους 1284 μ.Χ., στη Μονή Φιλοθέου του Αγίου Όρους. Η Κάρα με αδιάφθορο το αριστερό αυτί βρίσκεται στη Μονή Βατοπεδίου Αγίου Όρους. Η δεξιά του Αγίου βρίσκεται αδιάφθορη στη Μονή Φιλοθέου Αγίου Όρους. Δύο τμήματα της αριστεράς του Αγίου βρίσκονται στη Μονή Μεγ. Λαύρας Αγίου Όρους και ένα τμήμα της στη Μονή Βαρλαάμ Μετεώρων. Μεγάλο τεμάχιο κνήμης και τέσσερα τεμάχια του Αγίου βρίσκονται στη Μονή Παντοκράτορος Αγίου Όρους. Δάκτυλος του Αγίου βρίσκεται στη Μονή Δοχειαρίου Αγίου Όρους. Αδιάφθορο μέρος του Αγίου βρίσκεται στη Μονή Μεγ. Μετεώρου. Αποτμήματα του Ιερού Λειψάνου του Αγίου βρίσκονται στις Μονές Ιβήρων Αγίου Όρους, Προυσού Ευρυτανίας και Κύκκου Κύπρου και στη Λαύρα Αγίου Αλεξάνδρου Νέβσκι Αγίας Πετρουπόλεως.
Να σημειώσουμε εδώ, ότι ο ιερός Χρυσόστομος πέθανε την 14η Σεπτεμβρίου, αλλά λόγω εορτής της υψώσεως του Τιμίου Σταυρού μετατέθηκε η εορτή της μνήμης του την 13η Νοεμβρίου.
Επίσης την 15η Δεκεμβρίου εορτάζουμε την χειροτονία του σε Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, την 27η Ιανουαρίου την ανακομιδή των λειψάνων του, αλλά η μνήμη του εορτάζεται και την 30η Ιανουαρίου μαζί με τον Μέγα Βασίλειο και τον Άγιο Γρηγόριο τον Θεολόγο. Και τέλος την 26η Φεβρουαρίου εορτάζουμε την μνήμη της χειροτονίας του σε πρεσβύτερο.
Το δεξί χέρι του Αγ. Ιωάννου του Χρυσοστόμου το οποίο έχει σχήμα ευλογίας και παραμένει και εκείνο άφθορο(διακρίνονται το δέρμα και τα νεύρα) ευρίσκεται στη Ιερά Μονή Φιλόθεου του Αγίου Όρους και η κνήμη του Αγίου στην Ιερά Μονή Παντοκράτορος του Αγίου Όρους.
1 Η κάρα του Αγίου Ιωάννη του Χρυσοστόμου στην Ιερά Μεγίστη Μονή Βατοπαιδίου Αγίου Όρους
Η κάρα φέρει αδιάφθορο το αριστερό αυτί. Σύμφωνα με όλες τις μέχρι στιγμής πληροφορίες φέρεται να βρισκόταν ήδη στην Ιερά Μονή Βατοπαιδίου πριν την άλωση και τη δήωση της Κωνσταντινούπολης το 1204 από τους Λατίνους σταυροφόρους της Δ΄ Σταυροφορίας.
Υπάρχει και σχετική διήγηση που συνοδεύει την αφθαρσία του αυτιού και του χεριού του Αγίου και είναι η εξής :
Κάποτε στην Κωνσταντινούπολή ένας άνδρας είχε κανονίσει μια συνάντηση με τον αγίο Ιωάννη τον Χρυσοστόμο. Ο γραμματέας του αγίου, όταν πήγε να αναγγείλει την άφιξη του, τον βρήκε απασχολημένο με κάποιον άλλον άνδρα, ο οποίο ήταν σκυμένος κοντά στο αυτί του αγίου και του υπαγόρευε κάτι, ενώ ο άγιος έγραφε σε χαρτί αυτά που άκουγε. Ο γραμματέας δεν θέλησε να τους ενοχλήσει και είπε στον επισκέπτη να περιμένει.
Κάθε φορά που πήγαινε, τους έβλεπε σε αυτή την εργασία. Στο τέλος ο επισκέπτης αγανάκτησε και έφυγε. Όταν βρήκε τον άγιο μόνο, του ανέφερε για τον επισκέπτη που έφυγε. Ο Άγιος Ιωάννης τότε τον ρώτησε γιατί δεν τόν πέρασε αμέσως στο γραφείο και αυτός δικαιολογήθηκε ότι δεν ήθελε να τον ενοχλήσει στην εργασία που είχε με τον άλλον άνδρα. Ο Χρυσοστόμος του αποκρίθηκε ότι δεν υπήρχε κανένας άλλος μέσα στο γραφείο του όλη αυτή την ώρα και ότι ήταν μόνος.
Λέγεται ότι ο άνδρας αυτός ήταν ο Απόστολος Παύλος που εκείνη των ώρα υπαγόρευε στο άγιον Ιωάννη τον Χρυστοστομο την ερμηνεία των επιστολών του. Γι’αυτό το λόγο, σε ένδειξη σημείου και θαύματος αυτού του γεγονότος, το αυτί του αγίου Ιωάννου είναι μέχρι σήμερα άφθαρτο.
2 Η κάρα της Μόσχας (Ρωσία)
Το 1655, μετά από αίτημα του τσάρου Αλέξιου της Ρωσίας προς την Ιερά Μονή Βατοπαιδίου, η κάρα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου μεταφέρθηκε στη Ρωσία, και η Ιερά Μονή αποζημιώθηκε με το μεγάλο ποσό των 2000 ρουβλίων για αποπληρωμή των δυσβάστακτων χρεών της. Το 1693, μετά από αίτημα της Ιεράς Μονής για την επιστροφή της κάρας, ο Μέγας Πέτρος της Ρωσίαςδιέταξε η κάρα να κατασχεθεί και να παραμείνει στη Ρωσία, αλλά όρισε και να καταβάλλονται 500 ρούβλια κάθε τέσσερα χρόνια στην Ιερά Μονή ως αποζημίωση. Μάλιστα τα ρωσικά κρατικά αρχεία τεκμηριώνουν αυτές τις πληρωμές ως το έτος 1735.
Η κάρα κρατήθηκε στο Κρεμλίνο της Μόσχας, στον Καθεδρικό Ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, μέχρι το 1920, όταν κατασχέθηκε από τους Σοβιετικούς και τοποθετήθηκε στο Μουσείο της Ασημένιων Αρχαιοτήτων. Το 1988, στην 1000η επέτειο του Βαπτίσματος της Ρωσίας, επεστράφη στη Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία, και φυλάσσεται σήμερα στον Καθεδρικό Ναό του Σωτήρος Χριστού στη Μόσχα.
Η κάρα της Μόσχας δεν φαίνεται από τις φωτογραφίες να έχει άφθορο αυτί, όπως πολλοί Ρώσοι πιστεύουν, και σύμφωνα με στοιχεία που προσκομίζονται σε διάφορα ρωσικά φόρουμ (πχ εδώ), η Ιερά Μονή Βατοπαιδίου, όταν έγινε γνωστό στα τέλη του 17ου αιώνα ότι η κάρα δεν θα επιστραφεί από τους Ρώσους, ανταπάντησε ότι δεν επρόκειτο στην πραγματικότητα για την κάρα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου, αλλά για την κάρα του Ανδρέα Καισαρείας της Καππαδοκίας, γνωστού για την ερμηνεία του στην Αποκάλυψη του Ιωάννη, που είχε σταλθεί στη Ρωσία, από λάθος όπως είπαν, αντί της αυθεντικής κάρας του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου. Η παύση, όπως φαίνεται, των πληρωμών λίγο μετά συνηγορεί, ως ένα βαθμό, και στην ακρίβεια αυτής της ιστορικής πληροφορίας.