Ο Άγιος Μάρκος ο Ευγενικός ήταν άνθρωπος προσευχής.
Συχνά στα κείμενά του παρεμβάλλονται αυτοσχέδιες προσευχές, δεήσεις και ικεσίες. Εδώ θα σας παραθέσουμε την προσευχή που απηύθυνε πριν αναχωρήσει για την Ιταλία. Η προσευχή αυτή ευρίσκεται στον κώδικα 226 της Μονής Διονύσου του Αγίου Όρους, δημοσιεύθηκε στο περιοδικό Επετηρίς Εταιρείας Βυζαντινών Σπουδών, ΕΕΒΣ, ΛΕ’ 1967, σελ. 223-226, και εμπεριέχεται στο βιβλίο του Νικ. Βασιλειάδη, Ο Άγιος Μάρκος ο Ευγενικός και η Ένωσις των Εκκλησιών, εκδ. ΣΩΤΗΡ, Αθήνα, 1983, σελ. 49-50. Η προσευχή έχει ως εξής.
”Εγώ και προς την αρετήν οκνηρώς έχων και των παθών προσλήψεσι τυραννούμενος, τι ποιήσω, μακρόθυμε Κύριε; Εκπεσούμαι της τοσαύτης σου δωρεάς, και επ’ εμοί αργήσει το της αγαθοπρεπούς ευδοκίας μυστήριον; Μη μοι γένοιτο, φιλοικτίρμον Θεέ και φιλόψυχε. Μη εγκαταλειφθείην υπό σου, μη γενοίμην μερίς τω πονηρώ εις απώλειαν, αλλά τοις των προλαβόντων αγίων σου πόνοις δυσωπηθείς και τας των ιερών αγγέλων πρεσβείαις δεξάμενος, εξαιρέτως δε και της αυτών υπερκειμένης δεσποίνης ημών Θεοτόκου, δος μοι την προς σε οδόν κατευθύναι, μη τον άξιον καρπόν της μετανοίας, αλλά τον δυνατόν απαιτών, έμβαλε τη σκληρά μου καρδία τον φόβον σου και δι’ αυτού καθάρας και απαλύνας όλην εις την την αγάπην συγκίνησιν.
Εν τω δε του σώματος εκδημείν ανάπαυσόν με ταις των αγίων σου σκηναίς και της αϊδίου δόξης και θεωρίας εμπλησθήναι ευδόκησον, ότι ευλογητός ει εις τους αιώνας. Αμήν”.
(= εγώ που ως προς την επιδίωξη της αρετής είμαι ράθυμος και οκνηρός και τυραννούμαι από όσα δέχομαι (προσλαμβάνω) νοήματα και λογισμούς που προέρχονται από τα πάθη, τι να κάνω, μακρόθυμε Κύριε; μήπως βρεθώ έκπτωτος και χάσω τις τόσες μεγάλες δωρεές Σου, και σε μένα μήπως το μυστήριο της αγαθότητός Σου και ευδοκίας (επιδοκιμασίας, ευλογίας) Σου καταστεί ανενεργό; Ας μην μου συμβεί κάτι τέτοιο, φιλεύσπλαγχνε Θεέ που αγαπάς την ψυχή μου.
Ας μην εγκαταλειφθώ από Σένα, ας μην βρεθώ με την πλευρά του πονηρού που οδηγεί στην απώλεια, αλλά (Συ Κύριε) που δέχεσαι τις επίμονες παρακλήσεις και ικεσίες των αγίων Σου και αποδέχεσαι τις μεσιτευτικές προσευχές των ιερών αγγέλων, και κατά τρόπον εξαιρετικόν (δέχεσαι τις ικεσίες) της Δέσποινας Θεοτόκου που βρίσκεται υπεράνω των αγίων αγγέλων, δώσε μου την δύναμη να κατευθύνομαι προς την δική Σου οδό, απαιτώντας από μένα όχι τον αντάξιον προς το πρόσωπόν Σου καρπόν μετανοίας, αλλά την μετάνοια που είναι σύμφωνη με τις δυνάμεις μου, βάλε μέσα στην σκληρή καρδιά μου τον φόβον Σου και μέσω αυτού να την καθαρίσεις και να την απαλύνεις με το να κάνεις την καρδιά μου ολόκληρη να συγκινηθεί στην αγάπη Σου.
Και όταν θα εκδημήσω από το σώμα μου ανάπαυσέ με σε τόπους που κατοικούν οι άγιοί Σου, ευλόγησέ με να αισθάνομαι πλήρης από την αιώνια και αναλλοίωτη λαμπρότητά Σου και να Σε βλέπω, διότι ευλογητός είσαι στους αιώνες. Αμήν).
Η προσευχή αυτή του Αγίου Μάρκου του Ευγενικού είναι μία πρόσκληση σε μετάνοια και επίκληση του θείου ελέους και βοηθείας. Όταν επικαλούμαστε με πίστη κάθε άγιο, γνωρίζουμε ότι αυτός εισακούει τις προσευχές μας και μεσιτεύει υπέρ ημών προς Κύριον. Συστήνουμε λοιπόν στους ευλαβείς χριστιανούς να προσθέσουν στις καθημερινές τους προσευχές και αυτήν την τόσον όμορφη προσευχή του αγίου Μάρκου του Ευγενικού, ευχόμενοι όπως ο Άγιος προστατεύει τους επικαλούμενους αυτόν και να τους στηρίζει στην πνευματική τους ζωή.