Το έτος 1452 μ.Χ. το Έθνος υπέστη μια μεγάλη δοκιμασία,την “Ψευδοένωση” των Εκκλησιών…
Στην Κωνσταντινούπολη, στις 12 Δεκεμβρίου 1452, με πρωτοβουλία του Παλαιολόγου (είχε την απατηλή εντύπωση ότι έτσι εξυπηρετούσε το Έθνος… ξεχνώντας ότι ο μόνος φίλος και ανίκητος σύμμαχος είναι ο ίδιος ο Σωτήρας Χριστός) γίνεται “ενωτική λειτουργία”, παρόντος του Καρδινάλιου Ισιδώρου(απεσταλμένου του Πάπα)
Ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος οργάνωσε το επίσημο συλλείτουργο στην Εκκλησία της Αγίας Σοφίας παρουσία του αντιπρόσωπου του Πάπα καρδινάλιου Ισίδωρου, στα πλαίσια της “ενωτικής πολιτικής” που εφάρμοζε έχοντας την ψευδαίσθηση ότι θα σωθεί η Βασιλεύουσα με τη βοήθεια του Πάπα, από τον εξαιρετικά ασφυκτικό τουρκικό κλοιό.
Εκείνη την εποχή ο Πρωτοσύγκελος Αρχιμανδρίτης Ραφαήλ, αλλά και ο Διάκονος Νικόλαος βρίσκονταν στην Κωνσταντινούπολη.
Στις 12 Δεκεμβρίου του 1452, ανήμερα του Αγίου Σπυρίδωνος, έλαβε χώρα το συλλείτουργο αυτό. Όμως, ο Πρωτοσύγκελος Ραφαήλ δεν θέλησε να παραστεί και ούτε και τον Διάκονό του άφησε να πάει. Γνώριζε πολύ καλά ότι αυτό θα ήταν προδοσία της Πίστεως,επέλεξε
να πειθαρχείσει στο Θεό και όχι στον Αυτοκράτωρα
«Όχι, και μέχρις εκεί. Σχέση ναι, βοήθεια ναι, συλλείτουργο με τους παπικούς ποτέ!…»
είπε..
Ο ασυγκράτητος θυμός του Παλαιολόγου
Ο Αυτοκράτορας θύμωσε πάρα πολύ και τιμώρησε με εξορία τους δύο Ιεράρχες.προσωρινά στην Αίνο. Γι’ αυτό και ο Άγιος Ραφαήλ ονομάζεται και ομολογητής, διότι
παράτησε τις τιμές και δόξες του αξιώματός του και δεν υπολόγισε το κόστος της εναντίωσής του στον Αυτοκράτορα, προκειμένου να υπερασπιστεί την αλήθεια της Ορθοδοξίας έναντι της αιρέσεως του παπισμού.
(Τις τελευταίες ημέρες όμως πριν τον ηρωικό θάνατό του ο Αυτοκράτορας Κωνσταντίνος,όταν δεν ήρθε η “δυτική βοήθεια”, κατάλαβε το τραγικό του λάθος, και μέσα στην Αγία Σοφία, την τελευταία νύχτα, ζήτησε συγχώρεση από Θεό και ανθρώπους και ήσυχος την επομένη, έπεσε ως ήρωας και εθνομάρτυς, αφού πρώτα εξομολογήθηκε και κοινώνησε ως Αληθινός Ορθόδοξος γι΄ αυτό και ο Άγιος Ραφαήλ συνήθιζε να τον αποκαλεί μετά την ηρωική θυσία του με δάκρυα στα μάτια “Άγιο Αυτοκράτωρα Κωνσταντίνο”)
Αυτός ήταν ο λόγος λοιπόν που όταν άρχισε η πολιορκία της Βασιλεύουσας από τους τούρκους οι δύο Άγιοι πατέρες βρίσκονταν εκτός των τειχών της και μετά πέρασαν στην Μακεδονία .
Εκεί ήταν, όταν συνέβη η άλωση της Κωνσταντινουπόλεως, την αποφράδα εκείνη ημέρα Τρίτη 29η Μαΐου 1453, από τους επιδραμόντες από τα βάθη της Ασιατικής Μογγολίας Σελτζούκους Τούρκους.
Ο τελικός προορισμός τους ήταν η Λέσβος όπου και έγιναν μάρτυρες 9 έτη μετά,τον Απρίλιο του έτους 1462μ.χ