Το 1832 η Ιερά Κοινότητα του Αγίου Όρους αναγγέλλει ότι “καθιδρύσατο εν Καρυαίς Ιεροσπουδαστήριον”, προικοδοτημένο με παλαιά και νέα κληροδοτήματα. Μεταξύ των παλαιών κληροδοτημάτων ήταν και 1.000 ρούβλια που κληροδότησε με την διαθήκη του, το 1805, ο Ευγένιος Βούλγαρης, ο οποίος ποτέ δεν έπαψε να ενδιαφέρεται για την τύχη της Αθωνιάδας.
Η ανέγερση της νέας Αθωνιάδας άρχισε το 1844 σε ιδιοκτησία της Μονής Κουτλουμουσίου στις Καρυές και η Σχολή άρχισε να λειτουργεί ένα χρόνο αργότερα με διευθυντή τον Δανιήλ Μάγνητα Ιβηρίτη.
Η δεύτερη αυτή περίοδος λειτουργίας της Αθωνιάδας διαρκεί 95 χρόνια, με μία δεκαπεντάχρονη διακοπή της λειτουργίας της, από το 1915 ως το 1930. Στο διάστημα ως το 1915 αναφέρονται 35 διδάσκαλοι, εκ των οποίων σπουδαιότεροι είναι, πέρα από τον Μάγνητα, ο Βαρθολομαίος Κουτλουμουσιανός, ο Δημήτριος (Δωρόθεος) Ευελπίδης, ο Νικηφόρος Γλυκάς, ο Χριστοφόρος Κτενάς, οι Φώτιος και Αθανάσιος Παντοκρατορινοί και ο Κυριακός Ζαχαριάδης.
Το 1856 ο αρχιμανδρίτης Ζαχαρίας Δανιηλόπουλος Ξηροποταμινός, είχε εμπλουτίσει την βιβλιοθήκη της Σχολής με την δωρεά 225 βιβλίων. Το 1930 η Αθωνιάδα αναδιοργανώνεται, μετά από μία δεκαπενταετία καταστολής, με πρώτο σχολάρχη τον Ιωακείμ Ιβηρίτη. Η δεύτερη περίοδος της Αθωνιάδας κλείνει με την αναστολή της λειτουργίας της το 1940. Το κτίριο πέρασε από φάσεις αλλαγής χρήσεων και εγκατάλειψης, ώσπου στα μέσα της δεκαετίας του 1980 αποκαταστάθηκε και μετετράπη σε επίσημο ξενώνα της Ιεράς Κοινότητος. Στο μεταξύ η Αθωνιάδα είχε αναστηθεί κάτω από νέα στέγη.