Σύμφωνα με την παράδοση θεμελιώθηκε από τον αυτοκράτορα Ηράκλειο και ανοικοδομήθηκε περί τον 5ο αιώνα, από τον Βυζαντινό Αυτοκράτορα Αρκάδιο, του οποίου το όνομα φέρει προς τιμή του.
Άλλοι αναφέρουν ότι ιδρύθηκε από κάποιον μοναχό Αρκάδιο και γι΄αυτό ονομάστηκε μονή Αρκαδίου.
Ερείπια της πρώτης μονής διατηρούνται σήμερα στο βορειοδυτικό μέρος του περιβόλου της. Κτίσθηκε σε μικρό εύφορο και κατάφυτο οροπέδιο σε θέση στρατηγική της ΒΔ. πλαγιάς του όρους Ίδη πάνω από φαράγγι, που συνδέει τις επαρχίες Ρεθύμνου, Μυλοποτάμου και Αμαρίου.
Το σημαντικότερο μέρος της Μονής Αρκαδίου είναι ο κεντρικός δίκλιτος ναός, το Καθολικόν, που είναι αφιερωμένος στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος (το ένα κλίτος), και στους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη (το έτερο κλίτος), που περιβάλλεται από πολύ παχύ αυλότοιχο εντός του οποίου υφίστανται διάφορα βοηθητικά οικήματα.
Σύμφωνα με επιγραφή τουκωδωνοστασίου ο δίκλιτος ναός του Αγίου Κωνσταντίνου και της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα ανηγέρθη το 1587. Αποτελεί επομένως έργο της εποχής της βενετικής κυριαρχίας στο νησί, όπως φαίνεται καθαρά από πληθώρα στοιχείων της αναγεννησιακής αρχιτεκτονικής που μπορεί να εντοπίσει ο επισκέπτης.
Ο ναός αυτός αποτελεί ανακαίνιση ενός προηγούμενου που χτίστηκε τον 14ο αιώνα. Στις στέγες των οικημάτων αυτών φέρονται επάλξεις,(στηθαία), με σκοπιές και τυφεκιοθυρίδες. Το μοναστηριακό συγκρότημα έχει σχήμα παραλληλογράμμου με εμβαδό 5.200 τ.μ.
Στον ίδιο χώρο, εκτός της Μονής Αρκαδίου, περί τα 80 μ. ΒΔ της Μονής, στο χείλος του φαραγγιού, βρίσκεται οκταγωνικό κτίριο όπου φυλάσσονται τα οστά των υπερασπιστών της κατά το έτος 1866, το Ηρώο που δεσπόζει από μακριά. Στη θέση αυτή παλαιότερα ήταν ο ανεμόμυλος της Μονής.
Μετά την άλωση της Κρήτης από τους Τούρκους, το 1669, ο Πορθητής πασάς (Κυπρισλή) απαγόρευσε να κτυπούν καμπάνες σ΄ όλες τις εκκλησίες και τα μοναστήρια. Ο τότε ιεροδιάκονος όμως της Μονής Αρκαδίου, ο Νεόφυτος Πατελάρης, που ήταν τουρκομαθής, έσπευσε με δώρα στον πορθητή στο Τυμπάκι, όπου είχε εγκαταστήσει το μεγάλο στρατόπεδό του και τον παρακάλεσε να επιτρέψει τουλάχιστον τη χρήση της καμπάνας του Αρκαδίου.
Ο Πορθητής δεχόμενος τα δώρα και εκτιμώντας τον ιεροδιάκονο για την μοναδική προσέλευση κληρικού επέτρεψε την κατ΄ εξαίρεση χρήση. Εκ του γεγονότος αυτού η Μονή Αρκαδίου έφερε την ονομασία “Τσανλί-Μαναστίρ” που σημαίνει δικαιούχος κώδωνας, καμπάνα, (να ηχεί) κατά τις διάφορες ιεροτελεστίες. Μάλιστα δόθηκε και ιδιαίτερη φρουρά για τη Μονή που διέμενε στο παρακείμενο χωριό Αμνάτο.
Ιστορία της μονής
Ο τουρκικός ζυγός στο νησί της Κρήτης μετρούσε ήδη διακόσια πενήντα χρόνια όταν-μετά από συνεχιζόμενους ξεσηκωμούς-Κρήτες επαναστάτες άρχισαν να συγκεντρώνονται στο Αρκάδι από τις 3 Μαρτίου του 1866 για να φθάσουν το Μάιο να αριθμούν τους 1500 πολεμιστές από όλη την Κρήτη που συγκεντρώθηκαν για να εξελέξουν πληρεξουσίους για τις διάφορες επαρχίες της Κρήτης.
Η μονή Αρκαδίου από την πρώτη στιγμή της Επανάστασης υπήρξε το επίκεντρο των αγώνων λόγω της σπουδαίας στρατηγικής της σημασίας. Οι Τούρκοι ζήτησαν από τον ηγούμενο Γαβριήλ Μαρινάκη να διώξει την Επαναστατική Επιτροπή από το μοναστήρι με την απειλή ότι θα το καταστρέψουν αλλά ο ηγούμενος αρνήθηκε.
Στις 24 Σεπτεμβρίου αφίχθηκε ο συνταγματάρχης του Ε.Σ. Π. Κορωναίος με λίγους εθελοντές και ανακηρύχθηκε αρχηγός. Ο Κορωναίος έκρινε ότι η τοποθεσία δεν ήταν κατάλληλη για άμυνα, όμως ο Ηγούμενος της Μονής Γαβριήλ δεν ήθελε να την εγκαταλείψει.
Έτσι προχώρησε σε αμυντικές προπαρασκευές, εγκατέστησε ως φρούραρχο τον ανθυπολοχαγό Ι. Δημακόπουλο και μετέβη στις επαρχίες προς στρατολόγηση πολεμιστών.
Ο τουρκικός στρατός, αποτελούμενος από 15.000 τακτικό στρατό και υποστηριζόμενος από τριάντα κανόνια, υπό τον Μουσταφά Ναϊλή Πασά, εξεστράτευσε εναντίον της Μονής. Παράλληλα ζήτησε από τον ηγούμενο Γαβριήλ να παραδοθεί. Η απάντηση ήταν αρνητική. Στο μοναστήρι υπήρχαν 964 ψυχές, 325 άνδρες και οι υπόλοιποι γυναικόπαιδα.
Η επίθεση ξεκίνησε στις 8 Νοεμβρίου. Εξαντλημένοι και με βέβαιη την αιχμαλωσία και όλα τα συνακόλουθα, ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης από το χωριό Άδελε του Ρεθύμνου κλείνεται μαζί με άλλους πολεμιστές και γυναικόπαιδα στην πυριτιδαποθήκη.
Η πυροδότηση των βαρελιών με το μπαρούτι προκάλεσε την καταστροφή της Μονής και το θάνατο πολλών Ελλήνων αλλά και περίπου Τούρκων εισβολέων.
Ο κρότος λέγεται ότι ακούστηκε μέχρι το Ηράκλειο. Μετά την ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης ο Ι. Δημακόπουλος συνέχισε να μάχεται κατά των Τουρκαλβανών στον περίβολο της Μονής. Ο ίδιος την 9η Νοεμβρίου αποφάσισε να παραδοθεί στον τακτικό τουρκικό στρατό όταν έλαβε εγγυήσεις για την ζωή των τελευταίων υπερασπιστών που μάχονταν μέσα από τα ερείπια. Ωστόσο, την επομένη εκτελέστηκε με αποκεφαλισμό τόσο αυτός όσο και οι περισσότεροι αιχμάλωτοι.
Από όλες τις θυσίες που πρόσφερε η Κρήτη μεσουρανεί το Αρκάδι. Η μονή Αρκαδίου ύψωσε το αίτημα της κρητικής ελευθερίας και ξεσήκωσε τα φιλελληνικά αισθήματα της Ευρώπης, αλλάζοντας τη νοοτροπία και την τακτική των ευρωπαϊκών δυνάμεων απέναντι στο Κρητικό ζήτημα.
Μετά την καταστροφή του, το 1866, ανοικοδομήθηκε πλήρως και αναστηλώθηκε στην πρότερή του μορφή.
Μόνο ένα μισοκαμένο τέμπλο στα αριστερά της Αγίας Τράπεζας και μια μπάλα κανονιού σφηνωμένη στο αιωνόβιο κυπαρίσσι στα δεξιά στης εκκλησίας μαρτυρούν το αίμα που χύθηκε πριν 140 χρόνια.
Η Ουνέσκο έχει χαρακτηρίσει το Αρκάδι Ευρωπαϊκό Μνημείο Ελευθερίας.