Σύμφωνα με την παράδοση, στην περίοδο της παρακμής του Βυζαντίου, οι δυτικοί συνήθιζαν να παίρνουν τα λείψανα των Αγίων και να τα μεταφέρουν στα μέρη τους, είτε για να τα προφυλάξουν είτε για να τα οικειοποιηθούν.
Με τον ίδιο τρόπο κάποιοι ναυτικοί αφαίρεσαν το λείψανο του Αγίου Νικολάου το 1087 από τη Λυκία (όπου γεννήθηκε και πέθανε ως Αρχιεπίσκοπος ο Άγιος Νικόλαος) για να το μεταφέρουν στην Ιταλία, στην πόλη Μπάρι.
Στο ταξίδι τους προς την Ιταλία έκαναν μια στάση στην πόλη της Κέρκυρας, όπου οι κάτοικοι του νησιού τους παρεκάλεσαν να θέσουν το σκήνωμα για προσκύνηση. Αυτοί δέχτηκαν κι έτσι δημιουργήθηκε μια μαρμάρινη πλάκα όπου έβαλαν το λείψανο του αγίου για να το προσκυνήσουν οι Χριστιανοί Κερκυραίοι. Πολύ αργότερα οικοδομήθηκε ο ομώνυμος ναός στη θέση αυτή προς τιμή του γεγονότος αυτού. Στη μαρμάρινη πλάκα όπου τοποθετήθηκε το σκήνωμα του αγίου οφείλεται η δεύτερη ονομασία αυτής της εκκλησίας (Άγιος Νικόλαος της Πλάκας), αν και πιο γνωστή είναι με το όνομα Άγιος Νικόλαος των Λουτρών, λόγω της θέσης της.
Με αυτή την αφορμή, κτίσθηκαν 86 ναοί προς τιμή του Αγίου και το γεγονός της έλευσής του γιορτάζεται στην Κέρκυρα στις 20 Mαΐου. Ο ναός του Αγίου Νικολάου των Λουτρών χτίστηκε τον 17ο αιώνα πάνω σε παλαιότερη εκκλησία που είχε ανεγερθεί το 1414. Η παλαιότερη εκκλησία καταστράφηκε το έτος 1537 από τους Τούρκους. Η ύπαρξη του σημερινού ναού του Αγίου Νικολάου Λουτρών ουσιαστικά οφείλεται στην κρητικής καταγωγής οικογένεια Παστού, που ανέλαβε τα έξοδα ανέγερσής του. Στις αρχές του 20ου αιώνα, η περιουσία της εκκλησίας περιήλθε στο δημόσιο και πουλήθηκε για να δημιουργηθεί το Δημοτικό Θέατρο της πόλης της Κέρκυρας.
