Избран Патриархом после смерти Диодора I в 2001 году, интронизован 15 сентября.
Новый Патриарх с самого начала заявил о своей поддержке палестинской борьбы за независимость, поддерживал дружеские отношения с главой Палестинской автономии Ясиром Арафатом, из-за чего Израиль долгое время не хотел признавать нового патриарха . За несколько лет патриаршества оказался замешанным в ряде скандалов с недвижимостью (продал гражданам Израиля церковные участки в Иерусалиме), а также в крупном церковном скандале в родной Греции.
Поведение Иринея восстановило против него многих членов Святогробского Братства, и 6 мая 2005 года он был отрешён от должности Священным Синодом ИПЦ.
24 мая 2005 года в Фанаре, собор иерархов поместных православных церквей под председательством Константинопольского Патриарха Варфоломея подтвердил низложение Иринея и постановил вычеркнуть его имя из диптихов и не поминать его.
Ириней отказался сложить с себя полномочия и продолжал совершать богослужение как Патриарх, ввиду чего 7 июня 2005 года Священный Синод Иерусалимского Патриархата постановил наложить прещения на отрешённого от должности Патриарха Иринея: он был извергнут из сущего сана и всех степеней священства и стал простым монахом.
Данное решение — согласно многовековой традиции, по которой избрание и низложение Иерусалимских патриархов подтверждается светскими властями стран, на которые распространяется юрисдикция церкви — было поддержано правительствами Иордании и Палестинской автономии. Продолжал пользоваться признанием правительства Израиля, которое долгое время не признавало избрание его преемника Феофила III.
Вскоре после скандального низложения патриарха Иринея Палестинская национальная администрация опубликовала в газете «Аль-Кудс» доклад, в котором утверждается, что Ириней «не принимал участия в сделке ни на одной из её стадий и не получал каких-либо денег», а сама сделка является незаконной, потому что не была закреплена решением Синода.
В мае 2012 года Государственный совет также дал свое заключение, в котором говорилось, что нет никаких доказательств гражданской или уголовной ответственности Патриарха Иринея в ходе проведенной финансовой проверки за 1999-2005 годы.
Шокирующие свидетельства как Луки Лукаидиса ( бывшиего судьи Европейского суда по правам человека) и архиепископа Герасон ” Национальный кирикас ” Нью-Йорк ( июнь 2013), разместивших фотографии на нескольких сайтах и блогах (например ieriplektani.blogspot.gr ), а также видеоматериалы не поддаются сомнению.
Однако ни один Предстоятель, проповедующий любовь и справедливость на земле, не обеспокоился (по крайней мере открыто) распущенностью нынешнего главы Братства Гроба Господня Феофила, открыто выступающего против Патриарха Иринея.
Блаженнейший Ириней поставил в известность греческое министерство иностранных дел от 22.12.2010 об условиях жизни и об общем положении через прошения о содействии, о котором, однако, они умолчали, демонстрируя, таким образом, политическую ипостась его дела.
После недавнего ответа заместителя министра иностранных дел Кириако Георндопуло на вопросы депутатов Димара и Aврамидиса по поводу добровольной изоляции и самоизоляции, Блаженнейший Ириней принял решение обратиться к греческому правосудию, подав судебный иск, который мы Вам и представляем:
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
){kind=link}