В 1832 Святой сообщество Святого Афона объявило о “создании в Кареи духовной семинарии “,которая будет строится на пожертвования старых и новых благотворителей .
Среди пожертвований были и 1000 рублей , завещанные , в 1805 году, по воле иеродиакона Евгения Вулгариса , который никогда не переставал заботиться о судьбе “Афониады”. Строительство новой семинарии “Афониада” началось в 1844 году на территории Кутлумушского монастыря в Кареи и школа начала функционировать через год под руководством Данилы Магнес Ивиритского .
Второй период “Афониады ” длится 95 лет , с пятнадцатилетним перерывом в её работе , начиная с 1915 по 1930 год . На период до 1915 года в школе работали 35 преподавателей, из которых наиболее важными личностями были (помимо Магнеса ): Варфоломей Кутлумушский , Димитрий ( Дорофей ) Евелпидес , Никифор Гликас , Афанасий Пандократор и Кириакос Захариадис.
В 1856 году архимандрит Захария Данилопулос Ксиропотамский обогатил библиотеку школы , пожертвовав в её пользу 225 книг. В 1930 году Афониада реорганизовывается , после пятнадцати лет репрессий , её первым директором становится Йоахим Ивиритский .
В 1930 году Афониада переехала на свое сегодняшнее место, в южное крыло Андреевского скита.
Афониаду окончило множество будущих святых, среди которых можно назвать имена св. Космы Этолосского, митрополита Коринфского Макария, святого Никодима Святогорца. Занятия были прерваны в 1821 году в связи с началом национальной революции против турецкого ига.
