Στις 28 Νοεμβρίου 2012, στο Εφετείο Δικαστήριο των Σκοπίων, πραγματοποιήθηκε νέα πολιτική δικαστική διαδικασία εναντίον του διωγμένου Αρχιεπίσκοπου Αχρίδος Ιωάννη και εναντίον των άλλων Επισκόπων, ιερομονάχων, μοναζουσών και πιστών τής Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αχρίδος, στη ΠΓΔΜ.
Κύριο χαρακτηριστικό στη δικαστική διαδικασία αυτή ήταν η παρουσία και συμμετοχή του εκπροσώπου της σχισματικής λεγόμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας («ΜΟΕ»)! Έτσι, και πάλι, σε αυτή την δίωξη ως κύριος φορέας των δικαστικών διώξεων εναντίον του Αρχιεπισκόπου Ιωάννη και της Ι. Αρχιεπισκοπή Αχρίδας παρουσιάζεται ακριβώς η σχισματική λεγόμενη «Μακεδονική Εκκλησία»!
Ο Αρχιεπίσκοπος Ιωάννης αθωώθηκε στα δικαστήρια δύο φορές, και η τρίτη φορά -με πολιτική απόφαση- το δικαστήριο τον καταδίκασε σε φυλακή! Πολύ ενδεικτικά, το δικαστήριο μέχρι σήμερα δεν έχει απαντήσει, αν τα χρήματα για τα οποία τον κατηγορούν, ο Αρχιεπίσκοπος τα έχει πάρει για τον εαυτό του ή τα έχει χρησιμοποιήσει για τα έξοδα της Μητροπόλεως όπου ήταν Μητροπολίτης!
Ενώ είναι σαφές ότι ο Αρχιεπίσκοπος Ιωάννης δεν έχει πάρει τίποτε από τους σχισματικούς, στη ερώτηση του Γενικού Εισαγγελέα, τι θέλει η λεγόμενη «Μακεδονική Εκκλησία», ο εκπρόσωπος της, ο σχισματικός ιερέας Vanco Umlenski, απάντησε ότι επιμένει: ο Αρχιεπίσκοπος Ιωάννης να πληρώσει στους σχισματικούς, όπως ο ίδιος είπε, 270 χιλιάδες ευρώ! Την ίδια στιγμή, ο δικαστής απαγόρευσε στον δικηγόρο του Αρχιεπισκόπου να θέτει ερωτήσεις στον εκπρόσωπο της σχισματικής εκκλησίας!
Ως εκ τούτου, είναι πολύ προφανές ότι μεταξύ του δικαστή, του εισαγγελέα και του εκπροσώπου της σχισματικής λεγόμενης «Μακεδονικής Εκκλησίας», υπάρχει συνωμοσία προκειμένου να συνεχίσει η δίωξη κατά του Αρχιεπισκόπου Ιωάννη και της Ι. Αρχιεπισκοπής Αχρίδας μέχρι εξοντώσεως! Στα τελευταία δέκα χρόνια ο Αρχιεπίσκοπος Ιωάννης πέρασε πολλά δικαστήρια για τα ίδια χρήματα! Ο δικαστής αρνήθηκε να άρει την παράνομη προφυλάκιση του Αρχιεπισκόπου Ιωάννη, για να τον μεταφέρουν σε φυλακή, μόνο και μόνο να αποδυναμώσουν ακόμη περισσότερο την υγεία του και να προκαλέσουν μεγαλύτερη ζημιά!
Η σχισματική Εκκλησία της ΠΓΔΜ από τη μία πλευρά δηλώνει ότι θέλει να γυρίσει στη ενότητα της Εκκλησίας, αλλά, από την άλλη πλευρά, παρά τις προειδοποιήσεις από όλες τις τοπικές Εκκλησίες ότι με τις διώξεις εναντίον του Αρχιεπίσκοπου Ιωάννη στα τελευταία χρόνια δεν πέτυχε και δεν θα πετύχει τίποτα προς την ενότητα, επιμένει στις διώξεις εναντίον του Αρχιεπισκόπου Ιωάννη και της Ι. Αρχιεπισκοπής Αχρίδος, διώξεις οι οποίες είναι πρωτοφανείς στις ευρωπαϊκές δημοκρατίες.