Η Βιβλιοθήκη της Ιεράς Μονής Παντοκράτορος διαθέτει σήμερα αρκετά σπάνια, εξαιρετικής τέχνης και σπουδαιότητας βυζαντινά και μεταβυζαντινά χειρόγραφα. ᾿Αξίζει να σημειωθεί ότι 68 κώδικες είναι περγαμηνοί, ενώ φυλάσσονται και τρία περγαμηνά ειλητάρια του 14ου αιώνος καθώς και τέσσερις βομβύκινοι κώδικες. Φυλάσσονται επίσης 9 αραβικά χειρόγραφα και μερικοί ρουμανικοί μουσικοί κώδικες.
Ιδιαιτέρως μνημονεύεται το περγαμηνό Ψαλτήριο αρ. 61, ένα από τα ελάχιστα (σώζονται τρία σε ολόκληρο τον κόσμο) εικονογραφημένα Ψαλτήρια της εικονομαχικής περιόδου (α´ ήμισυ του 9ου αιώνος), με παλίμψηστο κείμενο και 97 παρασελίδιες μικρογραφίες, με θεματολογία από την Παλαιά και την Καινή Διαθήκη, που αντιπροσωπεύουν ένα πρώιμο είδος μεταεικονομαχικής βυζαντινής τέχνης η οποία χαρακτηρίζεται από αρκετά μεγάλη ελευθερία.