По устному преданию, в конце XIV – начале XV веков древний монастырь, в котором подвизался преподобный Агафон, пришел в упадок, а икона Пресвятой Богородицы, находившаяся в нем, исчезла.
Вскоре, однако, она была чудесным образом явлена в залитой светом пещере, рядом с которой преподобный основал новый монастырь, называемый сегодня монастырь Богородицы Агафонос.
Монастырь расположен недалеко от города Ипати, на склоне горы Ити на высоте 553 м над уровнем моря. Его величественный крестово-купольный храм был построен в XV–XVI веках, в его архитектуре заметно влияние афонского зодчества. О пышном убранстве храма упоминают многие документы XVI–XVII веков. Но до наших дней сохранились лишь немногие фрески, так как в 1822 году храм сильно пострадал от пожара.
В монастыре находится чудотворная икона Богородицы (относящаяся к иконографическому типу Одигитрии), явленная некогда преподобному Агафону, а также большое количество реликвий и мощей. При монастыре есть музей, в котором хранятся десятки богато украшенных крестов, сосудов, дарохранительниц, мощевиков, икон, риз, манускриптов и книг. Все эти редкости, некогда хранившиеся в близлежащих храмах, позднее разрушенных и разграбленных, собрал и сохранил игумен монастыря Герман Димакос.
Самая древняя книга монастырской библиотеки – рукопись сочинений святого Иустина Философа и Мученика, датирующаяся 1551 годом. В служебных книгах монастыря сохранились многочисленные пометы и записи, сделанные игуменами и монахами монастыря на протяжении всей его истории. Эти записи весьма ценны с исторической точки зрения, так как позволяют восстановить прошлое монастыря и его окрестностей.
Монастырь Богородицы Агафонос внес свой вклад в движение за освобождение греческого народа от турецкого владычества. Монахи монастыря участвовали в 1821 году в боевых действиях в составе отрядов командира Митсоса Кондоянниса.